Obecny kościół parafialny przy ul. Wodnej swoje początki wiąże z istnieniem Szkoły Rzemiosł, dla której przemysłowiec Emil Geyer zakupił plac w 1903 roku i wystawił gmach szkolny. Zarząd nad nią przekazał Towarzystwu Dobroczynnemu, które z kolei oddało ją Towarzystwu Rzemieślniczemu „Resursa”. Szkoła przeżywała jednak duże trudności, dlatego staraniem biskupa Wincentego Tymienieckiego w 1922 roku jej kierownictwo powierzono Towarzystwu Salezjańskiemu. 15 października 1922 roku kardynał A. Kakowski w asyście biskupa S.K. Zdzitowieckiego i biskupa W. Tymienieckiego poświęcił kaplicę szkolną. Ze szkolnej kaplicy korzystali także okoliczni mieszkańcy, uczestnicząc we mszy świętej czy też przystępując do sakramentu pojednania. W 1924 roku salezjanie otrzymali aktem darowizny Szkołę Rzemiosł na własność. W tym samym roku Zarząd m. Łodzi przyznał sąsiedni plac na rozbudowę szkoły. Ceniony łódzki inżynier Wiesław Lisowski wykonał nieodpłatnie plany, obejmujące kompleks budynków szkolnych, warsztaty i kościół. Początkowo prace budowlane szły dość szybko, częściowo wybudowano budynki szkolne z salą teatralną i warsztaty. Salę teatralną przeznaczono na kaplicę, którą poświęcił biskup W. Tymieniecki. W maju 1926 r. w nowej dużej kaplicy mógł odbyć się Salezjański Kongres Misyjny.
Postępujący rozwój placówki szkolno-wychowawczej przy ul. Wodnej został nagle zahamowany przez wybuch drugiej wojny światowej. Kaplicę ostatecznie zamknięto w październiku 1941 roku. Początkowo pełniła ona funkcję magazynu, a od 1943 roku urządzono w niej sypialnię dla ludzi, którzy byli przywożeni na kursy szkoleniowe. Obydwie zakrystie hitlerowcy przeznaczyli na katownie.
Bezpośrednio po oswobodzeniu Łodzi salezjanie powrócili na swoją placówkę, podejmując przerwaną pracę. W styczniu 1945 roku przystąpiono do organizowania placówki oświatowo-wychowawczej. Jednak nowe władze państwowe coraz bardziej zmierzały do likwidacji dzieła salezjańskiego. Kuratorium Okręgu Łódzkiego już na początku roku szkolnego 1961/62 zapowiedziało salezjanom, iż jest to ostatni rok ich działalności. W roku 1962 nastąpiło zajęcie wszystkich pomieszczeń szkolnych, warsztatowych i internackich. Dotychczasowym właścicielom wydzielono część mieszkalną dla inspektoratu oraz współbraci obsługujących, kaplicę, która spełniała rolę kościoła. Po przejęciu szkoły przez państwo, głównym ośrodkiem działalności salezjańskiej stał się więc kościół. Od 1960 roku przy kaplicy Matki Bożej Wspomożenia Wiernych istniał i działał przy tutejszym kościele samodzielny ośrodek duszpasterski jako filia parafii pw. Podwyższenia Świętego Krzyża. Początkowo przełożony domu zakonnego był wikariuszem tej parafii i dopiero 24 maja 1978 roku biskup Józef Rozwadowski utworzył parafię pw. Matki Bożej Wspomożenia Wiernych. W latach 1981–1986 przeprowadzono gruntowny remont wejścia i całej kaplicy, nadając jej jednolity wystrój sakralny.
Po upadku władzy komunistycznej i zmianie rządu w Polsce w 1989 roku zaistniała dogodna możliwość odzyskania własności w Łodzi. W roku 1991 utworzono Salezjańskie Liceum Ogólnokształcące im. ks. Bosko. W wyniku reformy szkolnictwa, w 1999 roku w budynku szkoły powstało Salezjańskie Gimnazjum, natomiast w 2017 roku rozpoczęła funkcjonowanie Salezjańska Szkoła Podstawowa. Od 2020 roku salezjanie wznowili tradycje zawodowe inaugurując Technikum Salezjańskie w ramach Salezjańskich Szkół Rzemiosł w Łodzi.